Клиническая картина весьма разнообразна, но существует большое сходство не только между двумя формами бабезиоза у крупного рогатого скота, но и у других видов животных, как, например, у овец, коз, лошадей, свиней, собак, кошек, грызунов и т. д., у которых возбудителем ella являются поразиты других видов того же семейства Ваbesiidae.
Симптомы бабезиоза собак и др. животных связаны с разрушением красных кровяных телец, внутри которых располагается паразит. Инкубационный период продолжается 8—14 дней. Главные признаки болезни: лихорадка, анемия, гемоглобинурия (кровавая моча) и желтуха.
Лихорадка — первый из симптомов болезни начинается внезапно с высокой температуры тела, которая в зависимости от вида достигает 40—42 °С. Приступы лихорадки продолжаются 8—10 дней, затем температура постепенно снижается до нормы или даже ниже (гипотермия), после чего наступает смерть. Приступы лихорадки сопровождаются общими нарушениями: угнетением, прострацией, функциональными, респираторными и пищеварительными расстройствами и т. д.
Характерным симптомом является анемия, которая проявляется на 3—4-й день после начала приступа лихорадки. У разных видов животных анемия выражена в разной степени: бабезиоз собак и крупного рогатого скота протекает тяжело, у лошадей — несколько легче. Гемоглобинурия непостоянная, появляется через 3—4 дня после гипертермической фазы (лихорадки). Желтуха — также непостоянный симптом, часто наблюдается при бабезиозе собак и лошадей, реже - у крупного рогатого скота. Кроме этих главных симптомов, могут отмечаться поражения органов пищеварения, дыхания, нервной системы и глаз.
Поражения обусловлены преимущественно анемией (содержание эритроцитов до 1 млн/мм3), сопровождающейся анизоцитозом (наличие эритроцитов разного диаметра) и пойкилоцитозом (наличие эритроцитов неправильной формы: с зубчатой поверхностью, грушевидной формы, в виде ракетки и т. д.) и, кроме того, желтухой,, гепатомегалией (увеличение печени) и спленомегалией (увеличение селезенки). Диагноз ставится на основе описанных основных симптомов и микроскопического исследования мазков, крови, окрашенных по методу Мей Грюнвальда—Гимза, позволяющему обнаружить паразита внутри красных кровяных телец.
Восприимчивость животных зависит от вирулентности паразита, породы животных (высокопродуктивные породы более восприимчивы), возраста (взрослые особи более восприимчивы, чем молодняк), общего состояния здоровья (наличие заболеваний или физиологической недостаточности), депрессивного воздействия лекарственных веществ, хирургического вмешательства. С этой точки зрения очень важно подчеркнуть влияние спленэктомии (удаление селезенки) на восприимчивость человека. Люди с удаленной селезенкой более восприимчивы к бабезиозу.