Методы дезинфекции различаются на обычную и усиленную в зависимости от свойств возбудителей, против которых она направлена. Обычная дезинфекция проводится при инфекционных болезнях, возбудители которых не отличаются высокой устойчивостью к факторам внешней среды и обычным дезинфектантам, а болезнь характеризуется невысокой степенью распространения.
Усиленная дезинфекция проводится при инфекционных болезнях, возбудители которых характеризуются высокой устойчивостью к факторам внешней среды (споры) и дезинфектантам, а сами болезни протекают тяжело и быстро распространяются.
В этих случаях методы дезинфекции повторяют несколько раз через короткие промежутки времени (ящур, бубонная чума свиней и др.). По способам или применяемым средствам различают дезинфекцию физическую, химическую или физико-химическую. При организации борьбы с большинством инфекционных болезней наряду с методами дезинфекции следует проводить дезинсекцию и дератизацию.
Биологическое (биотермическое) обезвреживание навоза проводится путем складывания его в бурты определенных размеров, что сопровождается повышением температуры внутри бурта до 70—75 °С в течение 5—8 недель и приводит к уничтожению возбудителей болезней. Небольшие количества навоза следует дезинфицировать негашеной известью, 5%-ным раствором крезола, 3%-ным раствором карболовой кислоты (равные части навоза и дезинфектанта).
Контакт с дезсредствами должен продолжаться не менее 24 ч. Для уничтожения яиц-паразитов необходима биотермическая обработка. Навоз, сильно обсемененный возбудителями болезни, отличающимися высокой устойчивостью (возбудители сибирской язвы, туберкулеза), плаценты или абортированные плоды при бруцеллезе, риккетсиозах и парариккетсиозах необходимо сжигать.
Для предотвращения непрямых путей передачи возбудителей предусматривают мероприятия, касающиеся всех факторов внешней среды, способствующих распространению болезней. Поверхностные водоемы (реки, озера), ливневые и даже грунтовые воды могут быть заражены микробами (возбудителями туберкулеза, туляремии, лептоспироза, сальмонеллеза), яйцами паразитов или спорами грибов.
Заражение воды происходит с экскрементами больных людей или животных или случайно попавшими трупами животных. С водой микробы переносятся на большие расстояния, вследствие чего болезнь охватывает обширный ареал. Поэтому для предотвращения переноса возбудителей болезней с питьевой водой необходимо принять меры по защите источников водоснабжения, особенно в городах, и дезинфицировать воду, которая может оказаться зараженной.
Колодцы следует размещать на возвышенных местах в отдалении от уборных, животноводческих построек, навозохранилищ, прудов биологической очистки, для сооружения колодцев использовать бетон, кирпич или камень и снабдить их крышкой и навесом.