Изучение болезней началось еще в 300 годах до нашей эры. Древний ученый Туцидид в те времена начал вести речь об одушевленном начале инфекции, т. е. о существах, способных вызывать заразные заболевания. Из древних ученых упомянем также Тита Лукреция Кара, который в своем замечательном сочинении «О природе вещей» пытается охватить материалистической теорией совокупность природных явлений и, основываясь на учении Демокрита, пишет о «зародышах жизни и смерти», под которыми, как и Туцидид, он понимал невидимые материальные частицы.
Позднее, ближе к нашему времени, но намного раньше создания микроскопа Левенгуком Джироламо Фракасторо в своем основном произведении «О контагии, контагиозных болезнях и лечении», появившемся в Венеции в 1546 г., говорит о «зародышах болезни», которые он называл «первичным рассадником». He видев их никогда, он с гениальной интуицией предполагает, что они активно размножаются и быстро распространяются по всему организму. В организм они проникают различными путями (при дыхании, ранениях, через пищеварительный тракт и т. д.) и приживаются в излюбленных ими органах и тканях. Он показал, что существуют болезни, общие для человека и животных.
В последующие столетия после открытия болезнетворных микробов с помощью микроскопа Левенгука (1676) ученые заинтересовались вопросами о роли бактерии в природе , будь то в связи с бродильными процессами или с причинами болезней. Однако никому не хватало смелости высказать какое-либо предположение, идущее вразрез с официальной медициной. Не упоминая всех, кто начал понимать роль микроорганизмов в изучении болезней, укажем лишь на венского врача Марка Антония Пленциза (1705— 1786), который в своей книге «Opera physico medica» высказал убеждение в существовании болезнетворных начал. Он считал, что каждая болезнь имеет свое болезнетворное начало, которое, проникая в тело человека или животного, вызывает свойственные ей поражения.
Другим видным ученым, отстаивавшим идею живого инфекционного начала, был русский врач Данило Самойлович (1741—1805), который изучал болезнь чуму во время эпидемии 1771 г. в Москве. Он страстно искал возбудителя чумы, в существовании которого был убежден, но ему не удалось его увидеть, так как в его распоряжении не было микроскопа с необходимой разрешающей способностью. Несколько позже, в 1836 г., сельский врач из Ла Тест (Франция) Жан Хамо представил медицинскому обществу Бордо доклад о патогенных возбудителях инфекционных болезней. Шесть лет спустя, в 1842 г., он представил Парижской академии свои записки о изучении болезней, в которых утверждал, что патогенные факторы разнообразны, подчеркивая, что каждая болезнь имеет свое инфекционное начало, отличающееся от других различными свойствами.